ＣＣＳ特集：バイオインフォマティクス系

アドバンスドテクノロジーインスティテュート

　2001.05.25−アドバンスドテクノロジーインスティテュート（ATI）は、バイオインフォマティクス分野に特化したユニークな独立系ベンダーで、理化学研究所との共同研究などで実績を重ねてきている。理研のたん白質データベース（DB）「3DinSight」の構築も手がけている。

　同社は、窪田綏代表取締役の京都大学（理学博士）時代からの長年の研究成果をもとに、インターネット経由で利用できる遺伝子／たん白質解析の総合ソフトウエア「GENIE」を開発・提供している。遺伝子やアミノ酸の配列解析、ホモロジー検索、たん白質の高次構造予測など幅広い機能を持つ。

　昨年、ヒトゲノムが解読され、人間のゲノムのなかには他の生物種よりも繰り返し配列が多いことがわかってきた。GENIEには自己相関関数とウイーナー・ヒンチンの定理を応用したたん白質配列の繰り返し構造を検出する機能があるが、これが今後重要になる解析機能の一つとして注目される。オートポレーションなどの単純な配列の解析だけでは発見できない場合でも、フーリエ変換でパワースペクトル化してピークを検出できるので、繰り返し配列が見つけにくいといわれる膜たん白質などにも有効だと期待されるということだ。

　一方、理研の3DinSightは、PDBやPIR、SWISS-PROTなどを中心に、PROSITEなどの機能情報、たん白質突然変異DBなどを相互参照できる統合リレーショナル型DBで、サイベース上に構築されている。

　最近では、たん白質とその変異物のギブス自由エネルギー、エンタルピー、熱容量、転移温度などのデータを収めた「ProTherm」、たん白質−核酸複合体DBや塩基−アミノ酸相互作用DBなどからなる「たん白質−核酸レコグニションDB」、たん白質−核酸相互作用についての熱力学DB「ProNIT」が新しく加えられた。