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CCS特集2024年夏：シュレーディンガー
実験研究者がM&S駆使、FEP計算の負荷を低減へ
2024.06.25−シュレーディンガーは、ソフトウエア事業と創薬事業を両輪としており、独自の“デジタルケミストリー創薬”で成果を生み出している。ソフトウエアは創薬研究だけでなく、化学・材料開発向けでも実績があり、モデリング＆シミュレーション（M&S）で蓄積した経験はトップクラス。とくに、M＆Sを大衆化し、実験研究者が自在に駆使できるようにするクラウドベースの次世代研究環境「LiveDesign」の普及に力を入れる。
「LiveDesign」は、単一のプラットフォーム上で化合物設計、シミュレーションによる予測、データ分析を行い、研究プロジェクトの意思決定支援とコラボレーションを一元的に行うことができる。創薬系のM&Sでは、ターゲットに対する化合物の結合自由エネルギーを高精度に評価できる「FEP+」が同社の代名詞的なソフトウエアになっており、まさにデジタル実験として利用されている。計算結果を実験と同等のものとして扱うことができる。ただ、計算前にFEPマップを定義する必要があるなど、利用するためには専門的な知識を持つ計算化学者のサポートが必要だった。
この点で、「LiveDesign」で利用できるシングルエッジFEP+（SE-FEP+）では、難しい定義はなく、実測値を与えればワンクリックで計算をスタートさせることが可能。しかも、計算速度が約10倍高速なので、実験化学者が共通のスキャフォールドを持つ新しい設計をテストし、多数のアイデア化合物を効率的にスコアリングすることに利用できる。このように、いろいろな計算化学の手法を実験化学者が容易に用いつつ、インシリコでのDMTA（設計・合成・評価・分析）サイクルを効率的に回せることが「LiveDesign」の大きな利点となっている。
FEP+もSE-FEP+も計算にはGPU（グラフィックプロセッサー）が必須であり、計算機環境の構築には手間がかかる。同社では、それを支援する「バーチャルクラスター」の提供を開始した。クラウド上に、同社がGPU環境を用意してそれを利用することができるほか、ユーザーが構築あるいは指定したクラウド上にFEP+を動かす環境を用意して管理を請け負うこともできる。ユーザーは計算機周りの悩みから解放されるため、すでに欧米では利用者が増えているという。
一方、同社のM&Sの力を実証する場ともなているのが創薬事業であり、製薬会社などとの共同研究のもとで22件のプロジェクトが進行中。自社単独でのパイプラインも9件走っている。全社員900人のうち、200人がシュレーディンガーセラピューティックグループ（STG）に従事しており、内部で臨床試験のフェーズ１までをこなせる体制を確立している。